本所原隸屬峨眉鄉公所，民國五十八年七月一日戶警合一試辦，峨眉鄉公所將戶籍課劃出，成立峨眉鄉戶政事務所，改隸警察局，主任仍由鄉長兼任，民國六十二年七月一日戶警合一正式實施，戶政事務所主任改由警察分局副局長兼任。民國七十年十月，內政部改進戶警合一之缺失，戶政事務所主任改為專任，並兼任警察分局副局長。
民國八十一年七月一日戶警分立實施，本所改隸新竹縣政府，為新竹縣峨眉鄉戶政事務所，辦理各項戶籍登記業務。
為因應資訊化時代需要，內政部於八十二年七月成立戶役政資訊推廣小組，全面展開資訊化推廣工作，本所推廣時程自八十四年七月至八十六年六月，於八十六年九月三十日完成與全國戶役政資訊系統連線作業，正式邁入資訊化時代。
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